为了得到复活之草，小智一行人开始进行向丰穰之神土地云祈愿的祈雨仪式。但是祈雨过后出现的不是土地云，而是让整座岛陷入严重混乱的风之神龙卷云与雷之神雷电云。具有避邪作用的石碑楔石，遭到了不名人士破坏。为了平息两只神奇宝贝的战斗，小智等人努力召唤出了土地云，可是在战斗当中，牙牙与哥德小童都受了重伤。