菊老大说只要有复活之草就考虑进行对战，小智一行人立刻出发前往三云岛。抵达岛上后，他们见到了借助花饰神奇宝贝裙儿小姐力量专门采摘复活之草的青年尤特。尤特说最近因为三云岛的土地变得贫瘠，草系神奇宝贝都失去活力，复活之草也都枯萎了。为了得到复活之草，小智一行人开始进行向丰穰之神土地云祈愿的祈雨仪式。